Isto ninguém nasce ensinado eu até à uns meses atrás não sabia quase nada de VPS e servidores dedicados, neste momento já estou a administrar uns 4. Ainda tenho muito a aprender, mas tenho-me safo bastante bem, e a minha vida é programar não é gerir servidores mas acho que não se perde nada em ser multifunções.
kitsune foste para um servidor dedicado em vez de uma VPS porquê? Parece-me um salto um pouco grande, se bem que em termos de administração é parecido.
A primeira coisa que te recomendo é instalares um painel de gestão, facilita-te imenso a vida. Podes ir para algo pago tipo Cpanel que tem tudo e mais alguma coisa ou então vai para algo gratuito. Eu recomenda o VestaCP, antes de escolher li muita coisa, cheguei a testar algumas coisas, por exemplo o Zpanel é muito intuitivo é semelhante ao Cpnale, mas depois descobri o VestaCP e não quis outra coisa.
Instalas tudo com um comando e ficas logo com o site pronto a arrancar, para além disso não tem lixo é mesmo só as ferramentas básicas e ficas com um servidor super rápido com Apache e Nginx a trabalhar em paralelo, é o melhor dos dois mundos.
Se precisares de ajuda diz.