Certo, ainda tenho que ver com mais atenção e depois deixo por lá um comentário. Relativamente à pesquisa, pois isso depende dos vossos testes, eu apontei mais esse ponto porque atualmente o leitor utilizador quase necessita de pesquisar para a encontrar. No entanto como provavelmente têm um grande número de leitores fidelizados talvez não seja grave, apesar do ponto de vista da usabilidade o local ideal para o search ser sempre "above the fold".
No que diz respeito à publicidade, sim eu sei que antes do conteúdo rentabiliza mais, aliás é uma estratégia muito utilizada, apesar de na minha opinião pessoal ficar sempre muito feio, eu pelo menos não gosto de ver. Aquela ao lado dos artigos relacionados, fica melhor esteticamente se for texto, com uma cor semelhante aos artigos relacionados e a troca de posições que referi está relacionada com o facto de lermos da esquerda para a direita e logo deviam ser os artigos relacionados a primeira coisa a ser vista e depois a publicidade.
E porque não colocar o botão de retweet do topo ao lado do título por exemplo?