Um pouco antigo o post, mas como mantém ativo a discussão e visualização vou tentar ajudar.
Alguns estudos que li e profissionais de SEO no Brasil e no mundo que tenho contato e até mesmo minha própria experiência tem me mostrado que as mudanças bruscas de layout não são recomendadas.
Caso seu site já tenha uma arquitetura interessante e um número de visitas, engajamento e conversão bons, considere muitas vezes não alterar.
Mas caso a alteração seja realmente necessária, tome todas as precauções possíveis de SEO, alterando sempre para algo melhor e que atenda mais requisitos dos mecanismos de busca. Além disso, procure fazer a mudança aos poucos, em blocos de páginas.
Ainda assim, espere uma queda de cerca de 20% nas visitas orgânicas e posicionamento do seu site,
Se tudo funcionar bem, entre 4 e 12 semanas, seu site vai estabilizar e subir novamente, podendo até melhorar em relação ao que era anteriormente. Mas nem sempre atende essas expectativas.