Checkbox:
Utilizas Javascript. Atribuis uma classe as checkboxes no HTML. Quando clicas lá na do topo, ele faz um loop por todas as classes que definiste anteriormente no HTML e marca-as.
Para eliminar, tens que utilizar AJAX. Crias um ficheiro .php para aceder à BD ou onde quer que tenhas isso guardado. Transmites ao ficheiro .php que criaste os paramentos necessários.