Não quero que leves a mal o que vou escrever, mas, se queres ajuda, seria mais que justo forneceres o que é preciso para quem ajuda poder trabalhar no teu problema. Ficar a adivinhar não te ajuda a ti, nem quem te tenta ajudar.
Quando precisas de um mecânico, deixas o carro em casa e vais levando peças do motor para ele descobrir onde está a avaria? Acho que não. Aqui passa-se a mesma coisa que na analogia, só não tens de pagar a factura à saída.
Uma coisa que me saltou à vista foi todas essas unidades negativas e os clear, mas o problema, pode até nem estar aí, pode vir da <div> (ou div's) que contêm o <ul>.
Sugiro que deixes no mínimo a estrutura da div que contém os <ul> e o CSS relativo a essa estrutura. Ou então, se é um projecto assim tão privado que não podes deixar sequer uma porção do html, acho que esta não é a forma mais indicada de resolver o problema.