Sim, essa é uma das variáveis mais prováveis para o sucedido.
Isto porque esses artigos, tendo sido copiados, mal escritos ou o que seja, eram conteúdo no site, ajudando no ranking do site em geral e ajudando em certas keywords.
Se esses artigos tinham link building e keywords que ajudavam no posicionamento do site, ao apagares esses artigos estás a reestruturar o site por completo.
Por vezes fazer isso pode melhorar, mas no teu caso aparentemente, pelo que mencionas, piorou a situação.
