Olá @xforge, Entre as possibilidades, existem duas opções com as quais estou familiarizado.
1º - Ter uma conta de "Negócios ou Especial" em vez de "Particular" no Paypal, lá podes emitir facturas, enviar emails, agendar lembretes, etc... No entanto este tipo de conta tem um custo, que pode não justificar face aos movimentos.
2º - Usar o Paypal como um dos meios de pagamento integrado no sistema de facturação, e depois juntar o comprovativo de cada operação ao documento contabilístico.
O paypal faz todos os câmbios de forma auto e permite trabalhar em várias moedas.
Podes encontrar aqui estas e outras infos acerca: #paypal.com/pt/cgi-bin/webscr?cmd=xpt/Marketing/general/PayPalAccountTypes-outside
