basta usar a divisiao por dois. se o resultado for inteiro, então é uma cor, se não for inteiro dá outra.
<?php
echo "<table>";
$i = 0;
while ($i < 10) {
$stype = gettype($i/2);
if ($stype == "integer"){
$cor = "cccccc";
$mensagem = "uma cor";
}else{
$cor = "eeeeee";
$mensagem = "outra cor";
}
$i++;
echo "<tr bgcolor=\"#".$cor."\"><td>".$mensagem."</td></tr>";
}
echo "</table>";
?>