Não sei se vai ter muita sorte para fazer isso. Eu nunca utilizei nada parecido, mas desconfio que o leitor de cartões é que tem que devolver os dados num determinado formato e vais ter que conseguir aceder a esses dados utilizando PHP, o problema é que o PHP está feito para correr na web e não para ler de periféricos, para isso é melhor usar uma linguagem tipo Java ou Python.
Possível até pode ser mas não vai ser fácil, cria uma app em java que escreve directamente na base de dados ou então que cria algum tipo uma API JSON e depois com o php já consegues ler os dados