Como em tudo, Joomla, Drupal ou outro CMS, ou programação com base numa Framework, depende mais da equipa de programadores e da ferramenta com que se sentirem mais confortáveis.
Isso é um pouco como perguntar "Quero ir de carro de Faro a Braga, o mais rápido e seguro possível: devo ir de Mercedes, Audi ou BMW?" (já pondo de parte os carritos de baixa gama, da mesma forma que certos CMS e Frameworks devem ser postos de parte).
O que interessa é o condutor e os mecânicos - se forem bons, levam-te ao teu destino, escolhendo eles o carro com que se sentem mais confortáveis. Escohe um campeanito que tirou a carta a semana passada, e não interessa a marca do carro... pura e simplesmente não chegas lá.
Eu uso sempre Joomla, mas como Framework. Isto é, à excepção de alguns poucos componentes, programo quase tudo de raíz. O Joomla serve-me como Framework no sentido em que aproveito toda a sua API como base de trabalho, escuso de estar a construir backoffices de raíz, lidar com SEF, segurança e autenticação, etc., etc. .
Mas uso Joomla, apenas porque há 7 anos quando me meti nisto calhou ser o Joomla... Se o amigo que me disse "Epá experimenta uma coisa que é o Joomla", tivesse dito "Drupal", hoje escreveria exatamente o mesmo parágrafo trocando "Joomla" por "Drupal".
Trabalhar com um grande CMS como Joomla ou Drupal, é ter a trabalhar para nós uma quantidade enorme de pessoas (as da comunidade) a detectar e corrigir falhas, a melhorar funcionaldiades, a garantir que a ferramenta é moderna, etc., etc. Pessoas essas que são muito mais competentes que nós nas suas áreas.
Enfim, Joomla ou Drupal (ou outros CMS) já te deixam a meio caminho (daí o desenvolvimento ser mais barato) - seja um ou seja outro, tudo dependerá da equipa com que trabalhares. Faz decidir a tua escolha pela competência da equipa, não pela ferramenta.
Não sou fundamentalista nesta escolha das ferramentas, excepto num ponto: desenvolver a partir do zero, de raíz, é que não, nunca, jamais! O conhecimento e experiencia da comunidade de CMSs e Frameworks deve ser aproveitado.