Se já tem uma loja legal, e se essa loja vende produtos do mesmo tipo dos que importa da Alemanha, então a solução é fácil, basta adicionar o respectivo CAE à actividade exercida.
Atenção que o CAE pode ter que ser dentro da área de importação/exportação e isso terá implicações a nível de IVA, mas um contabilista explica isso melhor do que eu.
Para a loja legal, não será, em principio preciso fazer nada, pode abrir a loja online, ter um dominio .pt, se assim o desejar e vender da mesma forma que faz na loja fisica. Atenção é à contabilidade.