Já anteriormente mencionei que uma conta de alojamento partilhado é sempre bastante limitada. Esse tipo de serviços estás feito para alojar meia dúzia de micro-sites ou apenas 1 site médio. Pode parecer exagerado mas é a realidade porque os recursos são limitados para oferecer um serviço estável, porém os consumos não são lineares, em determinados momentos podes não ter ninguém online e noutros momentos ter centenas de visitas ao mesmo tempo, se fizeres as contas 100 visitas x 11 sites são 1100visitas, são 11 bases de dados e já comentas-te que algumas são muito grandes.
O preço de um serviço de hospedagem partilhado nos dias de hoje é muito baixo, não te compensa estar a ter problemas (e perder visitas, porque ao atingir o limite de recursos provoca lentidão no acesso e por vezes páginas de erro).
Até podes resolver agora e daqui a uns dias recebes outro email a dizer que é outro site.
Na minha opinião eu vou ser sincero contigo e independentemente de quem te está a fornecer a hospedagem, posso assegurar que vai continuar o problema.
Talvez até possa estar a acontecer o seguinte:
11 sites a consumir, o provedor de alojamento vai ver os consumos e é o site x, noutro momento é o site Y, noutro já é o site Z... se são muitos sites e todos consomem cpu, imagina que um consome 20%, outro 20%, outro consome 10%, outro 10%, outro 10%, outro 10%, outro 10%, outro 10% já estamos com os 100% esgotados e ainda faltam 3 sites. No entanto nenhum deles está a consumir demasia porque 20% não é exagero nenhum, pode muitas vezes chegar a 50 ou 60% e ai rebenta a escala mesmo sendo situações pontuais.
Um servidor pode ser equiparado a um computador pessoal, se tens 10 programas abertos ao mesmo tempo, mesmo não sendo "pesados", ainda que sejam softwares de consumos médios, vão consumir recursos altos e o pc fica lento (também depende do PC, mas é apenas um exemplo).
Espero que me tenha explicado bem, tentei faze-lo de forma simples para ser entendido.
Mete pelo menos metade desses sites noutra conta, repara que existem serviços de alojamento muito bons por menos de 3€ ao mês. Achas que vale a pena andar com problemas por 3€/mês?
Possivelmente se os sites continuam a crescer até vais ter que contratar um servidor dedicado ou pelo menos uma conta partilhada para cada site... são situações normais que qualquer webmaster deve ter em conta neste oficio.