Nada, mas já resolvi. Que coisa parva minha.
Fui tentar alterar o link permanente dos autores nas funções, como tinha visto após uma pesquisa do Google, e tinha algo como isto nas funções:
global $wp_rewrite;
$wp_rewrite->author_base = 'colaborador';
$wp_rewrite->flush_rules();
E isso pelo que me parece estava a "apagar" os outros permalinks e a definição que eu estava a dar para as categorias.
Ainda vou pesquisar como alterar o link permanente dos autores sem mexer no resto.
EDIT:function change_author_permalinks() {
global $wp_rewrite;
// Change the value of the author permalink base to whatever you want here
$wp_rewrite->author_base = 'member';
$wp_rewrite->flush_rules();
}
add_action('init','change_author_permalinks');
É só adicionar isto nas functions.php, perfeito