A paypal cobra uma comissão de 3.4% + €0.35 por cada recebimento.
Para projectos de grandes dimençoes podes contactar directamente o teu banco para teres acesso a gateway da unicre (as comissões são mais baixas).
O google lançou a pouco tempo um serviço muito interessante que já a ser intensamente usado na america o Checkout. (por enquanto apenas aceita vendedores que tenham uma conta bancaria nos estados unidos.