Sempre utilizei o código HTML que gera..ganho sempre no mínimo um dia de trabalho!
O código HTML só fica mal criado se as imagens não estiverem bem cortadas..existem uma maneira própria de se recortar no PS. Tens que recortar o site por partes e depois caso queiras podes dividir essas partes em várias partes para tornar o load mais rápido.
As partes que incluo sempre é, separação da header, conteúdo e footer. Depois vem as barras laterais caso tenha e a separação de pequenas coisas como barras divisorias..é simples
Epá, comigo sai sempre um código de m3r##... quase sempre põe uma coluna só por causa do colspan ou rowspan cheio de imagens 1px transparente
Isso já não se justifica actualmente, nem se usa, pelo menos não se devia usar!!! Prefiro gastar mais 10 minutos a fazer eu mesmo o html e o css do que andar À procura das células que quero editar... pois, ainda pra mais é só tabelas para a cabeça
Ver, vês..só não vês as transparências 
no caso do IE6
Também vês as transparências no png8 (256 cores), só não vês no png24 (o que interessa principalmente).
Li aqui algures dizer que dá para colocar o IE a suportar PNG a partir de css..alguém conhece a maneira? Gostava muito de saber isso..
Sorry... queria dizer javascript e estava a pensar em css (apesar de existirem outras formas que também mexem no css, mas são sempre baseadas no js acho eu) :
http://homepage.ntlworld.com/bobosola/Pesquisa no google por IE PNG FIX para mais resultados.
O formato .tif é suportado por todos os browsers e sistemas operativos sem problemas e com transparencias?
Não vais pôr online imagens tif pois não
Mas acho que suporta transparencia num modo qualquer... mas esquece isso.