Bom case Diogo, mas no teu caso, da forma que falaste pode-se dizer que o teu jeito de anunciar com popunder não é tão intrusivo como os que se tem visto.
Tem sites a abrir 4 e 5 popunders, tem sites que abrem popups que basicamente não fecham, outros que abrem tanta coisa que o próprio site leva uma eternidade para carregar e os PCs não aguentam com a carga.
Depois tem a questão do uso do Popunder no mobile, que no fundo acaba com o site do publisher. O popunder não abre "por trás", e sim pela frente, numa nova aba, dizendo adeus ao tráfego que entrou diretamente para um site que nunca será visto.
Mesmo que tenha o controlo de uma abertura a cada 24 horas ou a cada mês, ou seja o que for, aquele 1º clique que o user deu já era, foi direto o redirecionamento para outro site que não lhe interessava naquele preciso momento.
Talvez não seja tão mau por os users verem tanta info que nem se lembram em que site clicaram antes, no entanto vai causar esse efeito que comentaram acima, do user entender que nenhum site na net é seguro sem ser fb, yt e google.
Basta analisar uma página de fãs qualquer para nos apercebermos que o utilizador comum entende um popunder como sendo um virus, acabando ali com parte do possivel CTR do post por criar uma situação de alarme num simples comentário. Ainda usando o caso do face, garanto que o reach dos posts de link reduz bastante em sites com esse tipo de publicidade mais intrusiva.