No cPanel isso por vezes acontece, é um erro de permissões no File Manager dessa conta, aparentemente faz tudo bem, mas não faz nada, já me aconteceu 2 vezes em contas de clientes, 1 vez suspendi a conta e voltei a activar e ficou OK, outra vez tivemos mesmo que que fazer Reboot ao sistema apois várias horas de tentativas frustradas.