Alguns gurus do SEO (ou auto-proclamados) dizem para nunca se utilizar hífen, no entanto isso são teorias nunca provadas pois facilmente se encontram domínios com hífen para as primeiras posições do google.
Na minha opinião é igual em termos de motores busca, quanto a branding offline, com hífen é mais difícil a memorização, como tal, sempre que possível escolho sem hífen .com, .net ou .org, caso não esteja nenhum disponível procuro com hífen ou com alguns prefixo ou sufixo.