Boa tarde,
A ver pela fonte que encontrei a diferença principal é que os browsers mais antigos (IE4, por exemplo) poderão ter dificuldade com o método <link>.
Actualmente não deverá fazer grande sentido programar para essa possibilidade, a não ser que o mercado alvo seja susceptivel de utilizar esses browsers, como por exemplo, sites para países menos desenvolvidos onde o turnover de hardware / software seja mais reduzido.
