Bem..primeira mensagem depois do meu regresso, ora vamos ver se te consigo ajudar.
Nos ficheiros do teu template, tens um chamado overall_header.tpl onde está todo o conteúdo da header do teu template.
Se queres incluir/substituir algo na header, basta veres o código html e alterar, colocando o código do flash (.swf) que queres colocar. Se quiseres mais ajuda, diz-me o nome do ficheiro .swf e posta o conteúdo do ficheiro do template que eu ajudo-te nisso.
Dispõe. DM