Vamos lá ver uma coisa!
Aquele codigo que te dei server para fazer isso, ou seja, para quando não ha modulos activos numa determinada secção a tabela desaparecer, neste caso é no forum que não queres ter modulos, mas para não teres modulos no forum primeiro tens de definir isso nos parametros de cada modulo e só depois de não estar nenhum modulo definido para aparecer no forum é que a tabela desaparece!
O tutorial que está no cms-pt só serve para remover o excesso de tags no topo do template do smf que que a interligação dos templates vai buscar, ou seja, nem é necessário aplicar esse tutorial, só se quiseres!
A maioria dos templates pagos não têm esse problema da posição dos modulos, os templates gratis têm de ser escolhidos a dedo, ou seja, quando queres fazer uma integração deste género é muito importante escolheres os templates primeiro!