Eu não percebi bem o que pretendias, mas já tentas-te WORDPRESS MU? Se vais instalar na raiz, vais ter que usar um "blog" na raiz do site, por isso mais vale passares para outra directoria, essa tua "raiz".
PS: Além disso, se tiveres vários blogs consegues meter tudo numa base de dados, e não precisas de actualizar todos. Ou seja, podes ter o dominio1.com, dominio2.com, dominio3.com, tudo agregado à mesma instalação. Quanto ao plugin chama-se "Domain MAPPING", independente se uses outros dominios ou não, penso que o WORDPRESS MU te vai ajudar!