Olá,
Gostava de contribuir para o forum e achei que este tópico é porreiro para começar.
Iniciei-me no Joomla em Novembro de 2009 e ao ínicio tive alguma dificuldades em perceber o esquema do CMS, pesquisei muito e agora já posso dizer que sei algumas coisas.
Quando comecei a desenvolver o site não me preocupei muito com o template que estava a usar, depois quando chegou a parte do design aí é que a coisa ficou mais séria.
Li um bocado sobre templates e descobri que é muito agradável de se trabalhar com o beez (template de origem), cheguei à conclusão que por alguma razão o beez é fornecido no joomla de inicio.
O beez já tem a tal pasta HTML de CSS para vários módulos específicos, como o Modulo do Login, Registo, etc
O template tira muito partido das CSS, mas como já foi dito anteriormente, em joomla tens que ter o site no teu PC também e editares aí, depois tens que o exportar.
Para editar uso o notepad++, para exportar o FileZilla por FTP e para o servidor no meu PC uso o xampp
Espero ter ajudado