Acho que o paypal passa factura directamente ao consumidor como se tivesses sido tu, depois só tens de entregar o papel do paypal para efeitos tributários, caso contrário cometes uma infração tributária.
A partir de Janeiro não sei como vai ser com, a obrigatoriedade de NIF.
Isso é melhor falares com prós em paypal pois não sei como o sistema funciona a 100% mas depois se houver dados posso analisá-los juridicamente. Tive uma aula de tributação de comércio electrónico e, do ponto de vista jurídico, é muito complicado tributar pois precisas de um local e há várias teorias. A dos servidores(ora se tiveres no go daddy a tributação é a dos EUA, o que é um bocado estúpido), a dos ip's(quase impossível do ponto vista informático) e da sede ou estabelecimento estável (mais fácil). Ora isto muda tudo.
Eu, nos sites que tenho em que há pagamentos, faço o seguinte:
onde há operações totalmente virtuais cobro o IVA português e não passo facturas e depois logo vejo pois a AT irá lá manualmente, tipo tens 100 vendas a 1€, supostamente, ganhaste 100€ e tributam os 100€.
Na loja online, como tenho presença física e estabelecimento estável passo factura a quem quiser e cobro o IVA normal como uma loja qualquer.
Quanto à empresa, é um risco, apesar do capital social já não ter mínimos tens segurança social e mais uns impostos que não dependem da tua capacidade contributiva e isto é tramado, os meus sites estão dentro de uma S.A e não trato nada disso mas lembro-me que para fazer trabalhos de fotógrafo optei por me registar a recibos verdes e pedir isenção de segurança social pois iria ganhar menos de 2000 e tal euros por ano (só da para recebidos verdes pois basta ganhares o salário minímo e passas isso). Quanto ao IVA se não facturares mais de 10.000€ no ano anterior estás isento (Art.53 do CIVA) e a fazer templates talvez não passes essa marca.
Acho que não me enganei em nada, se o tiver feito, peço correcção
