usa a técnica do template:
crias um ficheiro chamado "template.php" que terá a marcação/conteúdo igual em todas as páginas
depois crias os ficheiros relativos ao projecto 'index.php', 'carrinho.php', 'produtos.php' etc.
nesses ficheiros conterão uma variável -> $html ( p.ex. ) e metes nessa variável tudo o que quiseres imprimir na área que muda consoante as páginas, podes meter também css/javascript adicional e meta tags(keywords,description,title,etc).
no ficheiro 'template.php' irá imprimir as variáveis que tens nas restantes páginas ( ex. $html )
acho que está um pouco confuso, por isso vou deixar um exemplo:
template.php
<html>
<head>
<title>Projecto 1 <?=$titleComplement?</title>
<?=$headComplement?>
</head>
<body>
<div id="header">
isto vai ser igual em todas as páginas
</div>
<div id="colLeft">
isto também
</div>
<div id="content">
<?=$html?>
</div>
</body>
</html>
index.php
<?php
$titleComlement = 'Bem Vindo';
$headComplement = '<script>alert(1);</script>';
$html = 'isto é diferente em todas as páginas';
include_once('template.php');
?>
espero que tenham percebido :S
cumps