Bem como administrador de várias instalações MU posso vos elucidar.
Sim, irão usar a mesma base de dados, e como o Orion já disse, e bem, ficas com cada blog com wp1 wp2 etc
A não ser que tenham MILHÕES de hits, não faz qualquer diferença terem tudo na mesma DB ou em várias.
Se não quiserem que todos os blogs fiquem na mesma DB, podem usar um plugin multi data base, o que não vos sugiro caso não tenham "Skills" e "Know How" como funciona o multi-DB, visto que se quiserem instalar por exemplo um plugin que afecte todos os blogs tem que instalar em todas as DB's as tabelas do dito plugin!
Em relação ao 3.0 o funcionamento é o mesmo, visto que o que existe é um merge das duas plataformas.
Agora imaginem o seguinte cenário vocês tem o BLOG A no alojamento Y w o BLOG B no alojamento Z. Não poderão ter os dois no mesmo wodpress mu ou wp3.0 (a não ser claro que haja sinc de DB's entre as duas contas etc etc) ou seja é possivel mas não é prático e requer alguma experiência (para alem de os vossos hostings consentirem, que raros são os casos).
