Eu prefiro salvar as imagens uma a uma (load selection from layer ou select->new image->copy from clipboard). Assim tenho um maior controlo sobre as imagens e o html gerado, incluindo a aplicação de css e interacção com php quando é o caso.
Quanto a formatos de imagem, o PNG8 para imagens pequenas é o ideal, para imagens com transparência tem de ser forçosamente o GIF, como foi aqui dito, o IE ainda não suporta a transparência do PNG. Para imagens maiores ou imagens com mais de 256 cores o melhor é usar o JPEG.